Samene hadde i likhet med de fleste urbefolkninger en naturreligion før tvangskristningen. De eneste nedtegningene om samenes religion kommer fra misjonærer på 1600- og 1700-tallet. Mesteparten av denne religionen og samenes kultur ble ødelagt under tvangskristningen.
Hovedpunktet i naturreligionene er at naturen har store krefter. Sola er god mens mørket er ondt. Naturen er besjelet, det vil si at ting som steiner og trær har liv. Naturen kunne hjelpe hvis man bad og ofret til gudene. Samene hadde en vismann som ble kalt for noaide eller sjaman.
Sjamanen kunne spå og helbrede og ved å bruke en runebomme kunne han komme i kontakt med de døde. Han slo på runebommen med et T- eller Y-formet hammer av et reinhorn. Selve skinnet på runebommen var lagd av strukket reinskinn og var dekket av tegninger. De hadde en messingring som beveget seg rundt på trommen når de slo på den og fortalte sjamanen om fortid og fremtid og gjorde at han kunne komme i kontakt med de døde. Under kristningen ble hundrevis av runebommer ødelagt.
I sjamanismen er verden delt i tre, oververdenen, midtverdenen og underverdenen. I alle verdenene fantes det liv av forskjellig slag. I midtverdenen levde menneskene, men noen ganger kunne de komme til andre verdener. Når sjamanen gikk inn i en spesiell transe, hvor han kan oppsøke de andre verdenene. Et menneske har minst to sjeler, en kroppslig og en fri. Når sjamanen falt i transe, kunne den frie sjelen reise til de andre verdenene. Hvis noen blir syk, kan sjamanen frigi den frie sjelen sin som reiste ned til dødsriket. Sjamanen gjorde en avtale med gudinnen i dødsriket, Jabmiahka. Mot et offer, kunne hun frigi den syke.
Sjamanen kunne være i transe i halvannen time. Da måtte hjelperne hans hjelpe ham tilbake til den virkelige verden. Det var likevel ikke alltid det gikk bra, sjamanen kunne noen ganger dø mens han prøvde å redde den syke.
Samene har vært her lenge. Ingen vet hvor lenge eller helt hvor de kom fra, men man antar at de kom sørfra for mellom 6000 og 11000 år siden. Siden de første nedtegningene har samer vært en del av den norske befolkningen. De har alltid hatt egen kultur og eget språk. De har heller ikke alltid blitt sett ned på, nordmenn reiste til og med til Sameland for å lære trolldom.
På 1500-tallet bygde en russisk tsar et kloster Petsjenga, og var derfor den første til å prøve å kristne samene. Den første klosterforstanderen var Trifon. Men russerne prøvde egentlig ikke å lære samene religion, de bare døpte dem og innførte kristne deler i den kulturen samene hadde fra før. På en sametromme kunne det for eksempel være et bilde av Gud eller Jesus sammen med de andre bildene.
Samene gjorde ikke noe særlig motstand før under den lutherske misjonen. De ble da også konfirmert og i mye større grad fornorsket. Mange av samene trodde fortsatt på sine egne naturguder, men de var ikke alene, flere nordmenn trodde fortsatt på troll og drauger helt ut på 1900-tallet.
Samene hadde fire kvinnelige guder som sørget for at fødselen gikk riktig for seg:
- Mattarahkka var moren til de andre kvinnelige gudene, og gav kropp til sjelen, bl.a. en av sine egne døtre, Sarahkka.
- Sarahkka tok menneskefrøet med inn i livmoren. Hun sørget for at barnet kom til verden og vokste opp.
- Juoksahkka bestemte barnets kjønn. Alle barn var i utgangspunktet jenter, men Juoksahkka grep noen ganger inn og gjorde barnet om til gutt.
- Uksahkka passet på moren og barnet etter fødselen.