Morgenen den 16. oktober 1962 fikk president Kennedy vite om bildene et U-2 spionfly hadde tatt av Cubas vestre del, nær San Cristobal, to dager tidligere. Det var ikke tvil om at Sovjetunionen var i ferd med å bygge strategiske rakettbaser på Cuba. Man hadde i Det Hvite Hus hatt mistanke om dette i noen måneder allerede, men det kom allikevel som et sjokk, fordi amerikanerne hadde i september gitt signaler til sovjeterne om at offensive våpen (bakke til bakke raketter) på Cuba ikke ville bli tolerert. Den sovjetiske ledelsen hadde også gitt forsikringer om at russerne ikke ville utplassere denne typen våpen på Cuba.
Den 31. august ble det bevist, ved hjelp av et U-2 fly, at sovjeterne hadde plassert SAMs (bakke til luft raketter) på Cuba. Til dette hadde sovjeterne sagt at Cuba hadde bedt om ”krigsutstyr” for å forsvare seg mot ”aggressive imperialistiske stater med henblikk på Cuba”. De mente at Cuba hadde rett til å forsvare sin suverenitet, og at ”alle ekte venner av Cuba har rett til å reagere på slike berettigede anmodninger om hjelp”. Kennedy gjorde det klart at det ville være veldig alvorlig hvis Sovjet brøt avtalen fra 1934, hvor det stod at verken USA eller Sovjet ikke skulle utplassere bakke-til-bakke raketter på Cuba. Samtidig angrep Moskva, med Khrusjtsjov i spissen, USAs politikk mot Cuba. De mente at siden USA hadde plassert raketter i NATO land, bl.a. Tyrkia og Italia, så måtte Sovjet få lov til å plassere raketter på Cuba. Men Khrusjtsjov understreket samtidig at ”Sovjetunionen trenger ikke å flytte på sine våpen. Vi har så kraftige raketter som bærer våre atomvåpen at de rekker hvor som helst hvis de skytes ut fra Sovjetunionen, så vi trenger ikke å lete etter baser utenfor våre grenser”.
Etter at Kennedy hadde fått bildene satte han sammen en gruppe menn, kaldt ExComm (the Executive Committee of the National Security Council). Den bestod bl.a. av presidentens bror, justisminister Robert Kennedy, forsvarsminister Robert McNamara, utenriksministeren Dean Rusk og CIA sjefen John McCone. Komiteen bestod av toppmennene innen forsvars- og utenriksledelsen. Komiteen la fram seks alternativer: